Wenn du etwas transparent haben willst markierst du alle Flächen, die du behalten willst (mit dem Zauberstab oder Lasso o.ä.), kopierst sie, gehst auf Ebene --> Ebene löschen und fügst die kopierten Flächen ein. Das Ganze nur noch als PNG-Bild speichern.
Was anderes würde mir jetzt auch nicht einfallen um Flächen zu löschen, nutze GIMP allerdings nur nebenbei.
- MfG Pellaeon