Ich bin zwar kein Hundebesitzer, habe aber zwei Katzen, die auch panischee Angst bei Gewittern oder Stürmen haben und sich dann im Keller verkriechen.
Du kannst aber nicht davon ausgehen, dass da eine Konditionierung/Gewöhnung im eigentlichen Sinne auftritt, da so ein Unwetter nie regelmäßig oder gleich abläuft.
Außerdem wissen wir ja gar nicht, wie ein Tier so ein Unwetter wahrnimmt ( Geräuschkulisse, etc.) und können deshalb auch gar nicht nachvollziehen, welche Angstimpulse bei ihm da ausgelöst werden.
Also ist es meiner Erfahrung nach nur normal und biologisch auch sinnvoll, dass ein Tier bei einem Unwetter Angst und sich verkriecht, da es normal ja nicht in einem geschützten Haus wohnen würde, sondern der Umwelt schutzlos ausgeliefert wäre.