Madara Beheerscht das Rinnegan weil er ein Uchiha ist und die Uchiha sind nachkommen vom alten Sennin dem ersten NInja.
Der Sennin hatte 2 Söhne, der ältere der seine Augenkraft usw erbte und der jüngere welcher die Kraft und den Willen des Sennin erbte.
Es ist einfach nur logisch das Madara als der Stärkste der Uchiha das Rinnegan meistern konnte, ich habe das schon seid dem auftauchen von Pain vermutet, das das Rinnegan etwas mit den Uchiha zu tun hat.
Ich denke mal das auch Sasuke das Rinnegan meistern wird und dann im Kampf gegen Naruto von seinem Hass loslässt und wieder normal wird.