Normalerweise sind diese kleinen, grauen Kästchen bei GIMP die Transparenzanzeige. Vielleicht verwendest du einen alten Browser, der keine Transparenz anzeigen kann (hatte ich mal). Dann lade dir Firefox oder Safari herunter
Wenn das nicht hilft, solltest du vielleicht eine Beschreibung machen, wie du gearbeitest hast. Und soweit ich weiß, gibt es auch Tutorials im Internet. Google weiß alles